Это выражение означает попытку человека выполнить два разных дела одновременно.
Охотник не может одновременно бежать и за одним зайцем, и за другим. Он в лучшем случае поймает одного, а так, скорее всего, вообще ни одного поймать не сможет.
Вот это выражение и появилось из фразеологизма: «За двумя зайцами погонишься – ни одного не поймаешь».